भारी पानी बोर्ड का संयंत्र स्तर पर एक सुस्थापित संरक्षा प्रबंधन तंत्र है जो यह सुनिश्चित करता है कि सभी संयंत्रों की गतिविधियाँ सुरक्षित ढंग से निष्पादित हों । भारी पानी संयंत्रों का उत्कृष्ट संरक्षा रिकॉर्ड इसकी प्रभावी संरक्षा प्रबंधन प्रणाली तथा संरक्षा के प्रति संयंत्र के कार्य बल की प्रतिबद्धता के साथ सुदृढ़ संरक्षा संस्कृति का परिणाम है।

भारी पानी संयंत्रों के प्रचालन की प्रक्रिया में बड़ी मात्रा में जोखिम-भरे रसायनों का प्रबंधन शामिल है। इससे जुड़े हुए जोखिम को डिजाइन और इंजीनियरिंग के दौरान डिजाइन संरक्षा सुविधाएँ शामिल करके और संयंत्रों के कमीशनन तथा प्रचालन के दौरान प्रचालन संबंधी तथा प्रशासनिक सुरक्षा उपायों को अपनाने से काफी हद तक समाप्त किया गया है। संयंत्रों के प्रचालन के दौरान प्राप्त अनुभवों से आगे अन्य संयंत्रों के सुरक्षित प्रचालन में सहयोग मिल रहा है। भारत में भारी पानी संयंत्रों जैसे अन्य खतरनाक रासायनिक उद्योगों की तुलना में भारी पानी संयंत्रों के दुर्घटनाओं के आँकड़े उनके बेहतर प्रदर्शन को दर्शाते हैं।

औद्योगिक संरक्षा, स्वास्थ्य एवं पर्यावरण प्रबंधन के संबंध में भारी पानी बोर्ड / भारी पानी संयंत्र नियमित रूप से विभिन्न गतिविधियाँ कर रहे हैं जैसे कि भारी पानी संयंत्रों के संरक्षा एवं पर्यावरण प्रभारियों का सम्मेलन, आपातकालीन अभ्यास, संरक्षा, अग्नि शमन एवं प्राथमिक चिकित्सा के बारे में कॉण्ट्रेक्ट वर्कर्स को सावधिक पुनश्चर्या प्रशिक्षण, संरक्षा एवं पर्यावरण की ऑडिट ।

सभी प्रचालनरत भारी पानी संयंत्र OHSAS 18001 (व्यावसायिक स्वास्थ्य एवं संरक्षा प्रबंधन तंत्र), ISO 9001 (गुणवत्ता प्रबंधन तंत्र) तथा ISO 14001 (पर्यावरण प्रबंधन तंत्र) द्वारा प्रमाणित हैं।